Thông tư 64/2013/TT-BTC ngày 15/5/2013 hướng dẫn thi hành nghị định 51/2010/NĐ-CP  cho phép doanh nghiệp được tự in hoá đơn, đặt in hoá đơn để sử dụng, tạo điều kiện cho doanh nghiệp chủ động trong sản xuất kinh doanh và giảm đối tượng thuộc diện mua hoá đơn của cơ quan thuế . Tuy nhiên, sau một thời gian thực hiện, một số doanh nghiệp đã lợi dụng chính sách để mua , bán hoá đơn, tiếp tay cho hành vi trốn thuế, gian lận thuế. Vì vậy, ngày 31/3/2014, Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư 39/2014/TT-BTC hướng dẫn thi hành Nghị định 51/2010/ NĐ-CP, Nghị định 04/2014/ NĐ-CP thay thế thông tư 64/2013/TT-BTC, quản lí chặt chẽ hơn doanh nghiệp được tự in hoá đơn, đặt in hoá đơn và mở rộng đối tượng mua hoá đơn của cơ quan thuế; trong đó có doanh nghiệp có rủi ro cao về thuế và doanh nghiệp có hành vi vi phạm về hoá đơn.
 
Cụ thể Thông tư 39/2014/TT-BTC có những điểm mới so với Thông tư 64/2013/TT-BTC như sau:
Một làĐối tượng được tự  in hoá đơn:
Sửa đổi mức vốn điều lệ đối với doanh nghiệp được tự in hóa đơn kể từ khi có mã số thuế từ mức vốn điều lệ 1 tỷ đồng thành 15 tỷ đồng trở lên tính theo số vốn đã thực góp đến thời điểm thông báo phát hành hóa đơn
Sửa đổi, bổ sung quy định về điều kiện tự in hóa đơn đối với doanh nghiệp mới thành lập từ ngày Thông tư có hiệu lực thi hành có vốn điều lệ dưới 15 tỷ đồng là doanh nghiệp sản xuất, dịch vụ có thực hiện đầu tư mua sắm tài sản cố định, máy móc, thiết bị có giá trị từ 1 tỷ đồng trở lên ghi trên hóa đơn mua tài sản cố định, máy móc, thiết bị tại thời điểm thông báo phát hành hóa đơn. Như vậy, so với hướng dẫn trước đây, đối tượng áp dụng hóa đơn tự in tại điểm này không có “cá nhân kinh doanh”, đồng thời bổ sung điều kiện tự in hóa đơn “có văn bản đề nghị sử dụng hóa đơn tự in gửi đến cơ quan thuế và phải có ý kiến của cơ quan thuế quản lý”.
Hai là, Doanh nghiệp, tổ chức cung ứng phần mềm hoá đơn phải báo cáo cho cơ quan thuế trực tiếp quản lí về việc cung cấp phần mềm hoá đơn theo quý thay vì theo 06 tháng 1lần như quy định tại Thông tư 64/2013/TT-BTC.
Ba là, Đối với các doanh nghiệp có rủi ro cao về thuế phải chuyển sang mua hóa đơn có thời hạn của cơ quan thuế nhưng không mua hóa đơn đặt in của cơ quan thuế thì doanh nghiệp sử dụng hóa đơn tự in đưới hình thức như sau: Doanh nghiệp vào Trang Thông tin điện tử của cơ quan thuế (Tổng cục Thuế hoặc Cục thuế) và sử dụng phần mềm tự in hóa đơn của cơ quan thuế để lập hóa đơn khi bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ, đảm bảo cơ quan thuế kiểm soát được toàn bộ dữ liệu của hóa đơn tự in đã lập của doanh nghiệp.
Bốn là, Đối tượng được tạo hóa đơn đặt in
Cá nhân không còn được tạo hóa đơn đặt in mà chuyển sang sử dụng hóa đơn mua của cơ quan thuế.
Doanh nghiệp nhận in hóa đơn đặt in phải báo cáo cho cơ quan thuế trực tiếp quản lí về việc nhận in hóa đơn theo quý thay vì 6 tháng 1 lần.
Năm là, Đối tượng mua hóa đơn của cơ quan thuế:
Bổ sung thêm 3 nhóm đối tượng mua hóa đơn của cơ quan thuế gồm:
Tổ chức kinh doanh, doanh nghiệp nộp thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp theo tỷ lệ % nhân với doanh thu.
Doanh nghiệp đang sử dụng hóa đơn tự in, đặt in thuộc loại rủi ro cao về thuế;
Doanh nghiệp đang sử dụng hóa đơn tự in, đặt in có hành vi vi phạm về hóa đơn bị xử lý vi phạm hành chính về hành vi trốn thuế, gian lận thuế.
Sáu là, Từ ngày 1/6/2014, cơ quan thuế không tiếp nhận Thông báo phát hành hóa đơn xuất khẩu.
Thông tư 39/2014/TT-BTC không còn quy định về hóa đơn xuất khẩu, do đó, khi bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ ra nước ngoài, sử dụng hóa đơn GTGT (đối với đối tượng nộp thuế theo phương pháp khấu trừ) và hóa đơn bán hàng (đối với đối tượng nộp thuế theo phương pháp trực tiếp).
Trường hợp các doanh nghiệp, tổ chức kinh doanh chưa sử dụng hết các số hóa đơn xuất khẩu đã đặt in và thực hiện Thông báo phát hành theo hướng dẫn tại Thông tư số 153/2010/TT-BTC ngày 28/9/2010, Thông tư số 64/2013/TT-BTC ngày 15/5/2013 của Bộ Tài chính và vẫn có nhu cầu tiếp tục sử dụng thì đăng ký số lượng hóa đơn xuất khẩu còn tồn và gửi đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp chậm nhất là ngày 31/7/2014 (Mẫu số 3.12 Phụ lục 3 ban hành kèm theo Thông tư).
Từ ngày 01/8/2014, các số hóa đơn xuất khẩu còn tồn đã đăng ký được tiếp tục sử dụng. Các số hóa đơn xuất khẩu chưa đăng ký hoặc đăng ký sau ngày 31/7/2014 không có giá trị sử dụng. Doanh nghiệp thực hiện huỷ hoá đơn xuất khẩu theo hướng dẫn tại Điều 29 của Thông tư  và sử dụng hóa đơn GTGT, hóa đơn bán hàng cho hoạt động xuất khẩu hàng hóa, cung ứng dịch vụ ra nước ngoài.
Ngoài ra Thông tư 39/2014/TT-BTC cũng quy định chi tiết tiêu chí về doanh nghiệp rủi ro; hướng dẫn về việc lập hóa đơn in trực tiếp từ máy tính tiền, …
Nhằm hỗ trợ các Cục thuế địa phương và người nộp thuế nắm bắt kịp thời những quy định mới về hóa đơn quy định tại Thông tư 39/2014/TT-BTC, ngày 20/5/2014, Tổng cục Thuế đã ban hành công văn 1839/TCT-CS hướng dẫn thực hiện một số nội dung mới của Thông tư này.

Tư vấn ACMAN
Theo mof.gov.vn